Quoique est une conjonction. Elle peut être "remplacée" par bien que
Ex: Quoique enrhumée, elle va travailler.
On pourra aussi dire Bien qu'elle soit enrhumée, elle va travailler.
Quoi que est une locution pronominale qui signifie "quelque soit la chose que", "quelque soit la chose qui".
Ex: Quoi que je fasse, j'ai toujours mal à la tête le soir.